Zbirka glazbenih instrumenata prikuplja glazbala na kojima se izvodila umjetnička glazba i građanska zabavna glazba u Osijeku i okolici te glazbala izrađena u osječkim glazbarskim radionicama. Datiraju od 18. do 21. stoljeća. U Zbirci se čuvaju instrumenti s tipkama (stolni klavir, povijesni klaviri, klaviri, pijanina, pozitiv, fisharmonika i harmoniji), zatim gudački instrumenti (violine, viola), trzalački instrumenti (gitare, gitarska lutnja, mandoline, tambure, citre), puhački instrumenti (poprečna flauta, klarinet, okarine, harmonike) te udaraljke (metalofon). Iako je brojem predmeta nevelika (prikupila je oko 50 glazbala) nekoliko predmeta ima nacionalni značaj te značaj i izvan granica Republike Hrvatske. Najstariji i najvrijedniji predmet je violina nastala u bečkoj radionici Mathiasa Thiera, a pripadala je najznačajnijemu hrvatskom violinistu Franji Krežmi. Zatim se ističe stolni klavir iz radionice Sebastiana Antala Vogela te fisharmonika Jacoba Deutschmanna i povijesni klavir Conrada Grafa. Zbirka čuva harmonij Teophila Kotykiewicza iz vlasništva znamenitoga hrvatskog etnomuzikologa i skladatelja Franje Kuhača i tamburu Julija Njikoša, značajnoga hrvatskog melografa i skladatelja. Važna je cjelina tamburaških glazbala s pregledom razvoja tipova tambura, od kojih se posebno ističu radovi osječkog graditelja tambura Josipa Rohrbachera. Glazbala se u Muzeju prikupljaju od sredine 20. stoljeća, no Zbirka je osnovana tek 2011. godine, izdvajanjem glazbala i predmeta vezanih uz glazbu iz zbirke Varia.

Voditeljica: Andreja Šimičić, viša kustosica